研究证明，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢。它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。

臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌的污染，轻者会引发人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质———肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的的。

臭豆腐在中国以及世界各地的制作方式和食用方式均存在地区上的差异。长沙和绍兴的臭豆腐干相当闻名，但其制作以及味道均差异甚大。宫廷贡品北京王致和臭豆腐等曾光临并夸奖，美国《食品》杂志也亲临采访。火宫殿选用上等黄豆做成豆腐，然后把豆腐浸入放有冬笋、香菇、曲酒、浏阳豆豉的卤水中浸透，表面会生出白毛，颜色变灰。初闻臭气扑鼻，用油锅慢慢炸，直到颜色变黑，表面膨胀以后，就可以捞上来，浓香诱人，浇上蒜汁、辣椒、香油，即成芳香松脆、外焦里嫩的臭豆腐。

长沙街头也有很多民间制作臭豆腐的能手，深受民众的喜爱。

绍兴的油炸臭豆腐是用压板豆腐切成2．5厘米见方的块，放入霉觅菜梗配制卤中浸泡，颜色为黑灰色。

北京闻名的王致和臭豆腐为臭豆腐乳，与南方流行的臭豆腐干是两种不同的食品。

临清臭豆腐，在明末清初位于大运河航道北段出现。临清臭豆腐作坊制作的产品，北上进宫，南下余杭，凡是尝过该产品者，都知晓了真正的臭豆腐究竟是什么样子。相比之于其他任何地方的臭豆腐，临清臭豆腐都是最臭、最香，以至于美食家称其为“真正的臭豆腐在临清”。