他兄弟二人一体，李介也知道只要老三掌权，自己就不会吃亏，所以一直没怎么计较，更没和陈羽霆吴平王牧民等抢功，但其他部属却要好好封赏一番。到达鸡笼后李彦直就召吴平、王牧民、张琏、张维诸将以及林道乾、张岳来鸡笼，这时南北内外两支力量一合，李彦直手下不但炮利船坚，而且猛将如云，独当一面者七八个，骁勇善战者不下数十，从吴平到王牧民，从戚继光到俞大猷，均是陆上猛虎、海中鲨鱼，要精兵有精兵，要强将有强将，环顾当世，更无敌手了。

当日诸将到齐后，李彦直升帐点将，论功行赏，先宣示朝廷设立海军都督府之旨意。他宣布将他从上海带来的海府军本部以及留守澎湖、大员的海上机兵团合并为大明海军，又分出北海、东海、南海三支海军，各设都指挥使一人，都指挥同知一人。

北海海军辖长江口以北海面，下管金州、威海、平壤、济州四卫，以王牧民为都指挥使。其中济州卫有名无卫，此卫的建设任务也将由于北海都指挥同知张岳负责。

东海海军辖长江口以南海面，下管宁波、泉州、琉球、澎湖、吕宋五卫，以吴平为都指挥使，以张维为都指挥同知。吴平和张维现阶段最重要的任务是清理大员海峡的海盗残余，以确保东海商贸的正常进行。

南海海军辖大员海峡以南海域，这一带眼下形势最为复杂，从东海被放逐下来的私掠舰队、海盗全部涌进这片海域，传说大贼头王直也在这片海域逃窜，这样一来，东海虽然干净了，南洋却乱了。那些私掠舰队不敢侵犯吕宋，却都奔满剌加、麻逸去了。只是在南洋李彦直所掌控的军事力量又相对比较薄弱，并无一员足以与王牧民、吴平鼎足而三地大将，因此李彦直便任命蒋逸凡巡按南海，以张琏为都指挥同知，会同率领浙、闽卫所官兵下南洋的胡宗宪一起处理南洋之事。

军伍既分，又定班职，所有亲信旧属全部升了高官。至于职守则互有调动，比如蒋逸凡代表李彦直先行下南洋，而林道乾则调到上海协理市舶司总署的事务等等。

大员、吕宋在升格为府以后，地方官员也跟着水涨船高，知县变了知府，至于行政、司法体系则维持不变，算是“因俗而治”。

安平镇以北的沿海农村，在抗击海盗的守卫战中被打了个稀巴烂，战后大员政府帮助部分民众回迁，但有些已经呆在内陆不愿动了，这时海禁已开，便有大量的闽浙新移民迁徙至此，成为重建大员的新力量。

隆庆元年上海市舶司总署正式开关，东南各省的货物早已云集，大员海峡打通以后，外国商船接天蔽云而至，竟让这一年出现迸发性的交易量！市舶司按照明文规定地关税，见船抽水，见货抽成，尽管陈羽霆的班底个个久经历练，但在这段时间也点货点到眼发疼，收钱收到手发软！张居正原本以为这海关能收到十几万两银子补充军费就不错了，哪知海外商人进港之后的一个月里，市舶司总署的关税进账就已接近两百万两！要知道太仓一年的岁入，有时候也才两百多万啊！而这还远不是最终的数字。

李彦直接到陈羽霆的信后心中大定，有了这笔钱打底，海军都督府衙门的养军费用就有保障了。