就在大井满实、大井行吉等人离开九条稙通府邸后不久，就迎面遇上了部分维持治安的织田军。而率领这支织田军的就是厌恶上杉家的明智光秀，他先前就协助今川氏真抵御过上杉军的侵攻，他深知上杉家协助足利义昭上洛动机不纯，并非是出于忠义之心，反而是想将版图延伸至京畿诸国罢了。

明智光秀可不会对此坐视不管，只要朝廷、足利义昭没有明确表示要进一步惩处亲三好派的公卿，那么上杉军就不能擅自滥妨狼藉。于是，他就勒令大井满实、大井行吉等人将抢掠来的财物归还原主。

这下大井满实、大井行吉等人就不乐意了，他们好不容易随色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等上杉家重臣一同率军出阵来到京都，总得带上些什么回信浓，不然的话岂不是白来了？

由于大井满实、大井行吉等人的拒绝，很快两军就发生了冲突。若不是斋藤朝信、直江景纲等人在听闻后及时率军前来弹压制止，说不准冲突还会进一步扩大。弄不好织田·上杉联军还会不欢而散。

但此事毕竟非同小可，加上三好军仍然在东山城的胜龙寺城一带盘踞，对京都虎视眈眈，织田信长也不敢轻易下达裁决，毕竟眼下上杉家还是织田家的有力援军之一，至少比不给自己面子的浅井长政要强很多。

在织田信长上报至足利义昭后，经足利义昭与色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等上杉家重臣沟通后，就令大井满实、大井行吉等大井一族武将率部离开京都周边，负责驻守山城、近江境目地带的山口城，提防六角义贤、六角义治父子以及神保茂定、保田知宗等原金吾畠山家重臣的袭扰。

值得织田·上杉联军庆幸的是，这时的三好家根本没有余力来反攻京都，反而还要应付赤井家、松永家、上杉家的多路攻势。就连其内部也不是铁板一块，尽管三好长治已经成为三好家实际上的一门总领、家督，但三好长治在稳住讃岐、阿波、澹路等国局势后已经错失了支援畠山政尚的最佳时机，导致河内畠山家被上杉家攻灭，纪尹一国也随之被上杉家兼并。

作为阿波三好家重臣出身的筱原长房如今却并没有什么大局观，就算在得知织田·上杉联军大举攻入近江之时，还在与镇守在河内高屋城的三好康长三好笑岩，三好长庆之叔，三好长逸之兄于河内、和泉等地争夺领地，双方一度发起冲突。最后还是在足利义荣、细川真之等人的斡旋调停之下才达成短暂和睦。

虽然三好康长暂时接受了足利义荣、细川真之等人的调停，但还是与三好长治、筱原长房等人结下了梁子。随后，三好康长就暗中与上杉家坐镇纪尹的畠山常重取得联系，准备叛离三好家。

上杉谦信在与绫姬互换身份后坐镇江户城，以防有图谋不轨之人趁机举兵。而八条景定则是与上杉氏虎、绫姬节制东国诸将，在织田信长还在近江左和山城一带休整之际，就率十六万六千余军势以及阵夫、水手十万人经海路在纪尹登陆。

为了显得上杉家此次出兵更加名正言顺，景定还特意带上了前关白近卫前久、关东公方足利赖纯二人。

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