和平谈判

由于两个阵营间相互的不信任，在1499年3月，早期的调解企图遭遇了失败。但是在多尔纳赫战役之后，士瓦本同盟厌倦了战争并且对皇帝作为军事领导人的能力已经失去了全部的信心，因此他们拒绝了马克西米利安召集一支新军队的要求。比起瑞士军队来，士瓦本军队与哈布斯堡军队损失的人员要多得多，并且在多次地被瑞士人夺走了他们的装备之后，他们的火炮也变得不足了。瑞士人对进一步拖长战争也没有兴趣，不过他们还是拒绝了马克西米利安在1499年8月于沙夫豪森提出的第一个和平提议。

在巴塞尔市政厅，米兰外交使节将他的和平提案呈给马克西米利安的代表团。一位来自卢塞恩的代表（图中前排左侧穿蓝白服装者）为他翻译。本插图来自1513年的卢塞恩编年史。

不过，意大利战争的战事帮忙将士瓦本战争带向了尽头。法国国王路易十二试图将米兰公国置于自己的控制下。只要士瓦本战争还在持续，米兰统治者卢多维科斯福尔扎──他的侄女比安卡在1493年被马克西米利安所娶──就既不能期盼得到“远征佣兵”的帮助，也不能期盼得到马克西米利安的帮助，因此，他的外交使节加莱亚佐维斯孔蒂试图在瑞士人与皇帝间做调解。在瑞士的兼具战争政务会功能的邦联议会（tagsatzung）上，为了防止米兰人得到瑞士佣兵或马克西米利安的帮助，法国代表则试图阻止瑞士人与马克西米利安间的任何协定。米兰代表击败了法国代表的那些教唆，成功说服了双方都降低各自的要求。最终，马克西米利安一世与瑞士人之间的一份和平条约在1499年9月22日于巴塞尔被签订。马克西米利安曾对瑞士邦联下了禁令，以试图把这场战争定为一场“帝国战争”，然而这份和平提议却谨慎地对整场战争进行了轻描淡写，将它从“帝国战争”降低为了它的实质：帝国的两个相同地位的成员（帝国级政区，）之间的一场战争，即哈布斯堡家族与瑞士邦联之间的一场战争。这份文件只把马克西米利安称为“哈布斯堡公爵”，而没称之为“日耳曼人民的国王”，更没有称之为“神圣罗马皇帝”。

凭着巴塞尔和约，旧瑞士邦联与帝国的关系又回到了1495年沃尔姆斯会议前开始的状态。帝国禁令被悄无声息地停止了。马克西米利安不得不接受瑞士各州的拒绝并含蓄地放弃哈布斯堡对瑞士人的领土的宣称，承认瑞士人的独立。因此，这之后，瑞士邦联的十个成员继续不受“帝国法院”的管辖。此外，瑞士人从此还取得了图尔高的高等司法权。除了沙夫豪森一带，这场战争没有造成任何领土变更。沙夫豪森这座城市成功确立了它对一些之前属于康斯坦茨主教的地方的领导权。

在格劳宾登，情势也回复到了战前状态。哈布斯堡能够保留他们对“十辖区同盟”的八个市镇的权利，但是他们也不得不接受这个同盟与另外两个同盟以及瑞士邦联所结成的联盟。最终，这样的安排将会导致哈布斯堡失去普雷蒂高，而归三同盟所有，不过例外的是在将近130年后的三十年战争期间，他们会临时地重新占领该地。