15世纪末，伯恩把西面的勃艮地击退之后，神圣罗马帝国的初出茅庐的统治者马克西米连一世(MaximilianI,1493～1519年在位)企图在他领地之内重掌控制权，包括瑞士在内。

瑞士东部各州以与格劳宾登州联盟摆出防御姿态予以回应，格劳宾登州是以3个社团组织起来的一个迷你联邦。

马克西米连加入士瓦本同盟(SabianLeague)，这是德意志南部诸公国组织起来的一个联盟，以阻挠瑞士的扩张，并于1499年进攻格劳宾登州。

格劳宾登州请来瑞士人，于是为瑞士独立的最后一场战争，士瓦本战争就此沿着莱茵河从巴塞尔至福拉尔贝格(Vorarlbefg)爆发。

1499年9月22日于巴塞尔宣布和平，马克西米连遂放弃自己的计划，从而非正式地承认瑞士的独立。

两年之内具有战略重要性的巴塞尔和沙夫豪森的莱茵领地成为联邦的正式成员，1513年阿彭策尔也成为联邦的一员。

在法国大革命之前13个独立州联合起来成为联邦的情况一直未变。这场战争的许多战役是在1499年的1月到7月间打的，并且除了很少的几场小规模战斗以外，所有的战斗都是老练的瑞士士兵击败了士瓦本和哈布斯堡军队。

瑞士人自从在勃艮第战争胜利之后，就拥有着身经百战的战士和指挥官。

而士瓦本方面，骑士与步兵之间互不信任，军队领导人之间意见不一，全体人员普遍不情愿打仗，甚至士瓦本的伯爵们被认为比起神圣罗马帝国的利益，更看重强大的哈布斯堡的利益。

这些因素就显现为了他们的致命的不利条件。在多尔纳赫战役中，马克西米利安一世皇帝的最高军事指挥官阵亡，瑞士人取得了最终的决定性胜利，这使得他没有别的选择，只得同意了于1499年9月22日在巴塞尔签订的一份和平条约。

这个条约给了瑞士邦联在帝国中的很大的独立性。尽管在1648年的之前，这个邦联在名义上还是帝国的一部分，然而巴塞尔和约已经将它从帝国的管辖权中免除了，还免除了帝国的税务，由此，这份和约在事实上承认了它是一个独立的。